La película comienza con un hombre, llamado Jiraldin, hablando. Él dice : "Mi
objetivo no es atrapar al Dios del Hielo, al de fuego o al del Trueno... Mi
objetivo es... El Dios del Agua...".
La computadora le informa : "El Dios del hielo es Articuno, el Dios del Fuego es Moltres y el Dios del Trueno, Zapdos"
También le dice que éstos están cerca de las islas Naranja (las islas en dónde están los Gimnasios).
Jiraldin le ordena a la computadora que se dirija a las Islas Naranja y que haga un scan en el área, para encontrar al más cercano de los pájaros legendarios.
La compuadora termina, y le indica que Moltres es el que está más cercano.
Jiraldin le ordena a la computadora que se dirija allí, dónde Moltres.
Luego hay una escena de un edificio gigante, que luego parece ser una nave. Ésta alcanza su destino, y comienza a disparar chorros de hielo. La computadora avisa : "Moltres está moviéndose"
El hombre dice: "Te encontré, Dios del Fuego"
Luego, el cañón de la nave sigue disparando hielo hacia Moltres, y luego dispara dos anillos de hielo, que apresan y vencen a Moltres, quien es capturado en una jaula.
Jiraldin dice : " Uno más para mi colección..." "El próximo es Zapdos, luego Articuno... Y luego, para completar mi impresionante colección, capturaré a aquel Dios en el cuál nadie ha posado su mirada, Lugia!"
Ash, Misty, Tracey y Pikachu están sentados en un bote (¿o en Lapras?) Buscando la próxima Isla, para vencer al próximo gimnasio.
Como el clima es muy bueno, deciden sacar a todos sus pokèmon fuera. Los pokèmon a medida que salen, comienzan a jugar.
De repente, un gran periscopio, emerge del agua, seguido por un gran Magikarp, el cuál Jessie y James manejan.
De repente, el cielo comienza a nublarse, y en el océano see generan grandes olas. Todos casi caen del bote, y de repente un cardumen de +50 Magikarps aparece de la nada.
Ash, Misty y Tracey guardan a sus pokèmon, el capitán del barco trata de mantenerse en curso, y el Team Rocket está perdiendo el control del submarino a causa de los Magikarps.
Cuando están consiguiendo el control nuevamente, el barco encalla con una roca, y explota.
La tormenta comienza a calmarse, y ellos alcanzan una isla...
Entonces, vemos Pallet town, en la cuál hay un placentero verano.
El Prof. Oak, pasa en bicicleta y comenta sobre el buen clima, y entonces, el cielo se oscurece y de repente comienza a NEVAR. El Mr.Mime de la mamá de Ash pone un paraguas sobre la cabeza de ella.
Ash y compañia llegan a la isla y son recibidos por gente extraña con máscaras de pájaros. Ash y los demás los miran asombrados. De repente, una chica sin máscara, llamada Flura, sale de entre la multitud y le pregunta a Ash cual es su ocupación. El capitán responde por él, dice "Un entrenador Pokèmon". Todo el mundo mira asombrado a Ash, inclusive Flura "¿¿Un entrenador pokèmon!!"
Flura besa a Ash (lo cuál le molesta a Misty) y luego mira a Misty y le dice si es su hermana. Misty, ofendida, repsonde que no, y Flura dice que si es su novia, Misty responde de mal modo, que no.
El pueblo tiene una celebración porque es el festival de los pájaros sagrados.
Ash y Misty están cenando y Misty sigue enojada con Flura por la pregunta de si ella era la novia de Ash.
Entonces, una chica muy linda comienza a tocar una flauta (que parece una ocarina) y Ash la mira un momento, y se da cuenta de que es Flura.
Ella dice que para calmar la ira de los dioses, alguien debe encontrar tres tesoros de tres islas y ponerlos en un lugar en especial, mientras ella toque su flauta, ellos estarán calmados.
Ash se levanta, y decide que lo hará. El capitán del barco dice que todo está listo. Ash le pregunta a la otra gente si quieren ir, pero todos prefieren quedarse en el festival.
Pikachu agarra el gorro de Ash que estaba en la mesa y sube al barco con él. Entonces Ash, Pikachu y el capitán se van en el barco.
Luego vemos a Jessie y James en su Magikarp destruido.
Entonces el barco de Ash hace una giante ola que golpea al T.Rocket. Ellos, miran a Ash y se preguntan a dónde se dirigirá.
Entonces el cielo se oscurece, y comienza una gran tormenta eléctrica.
"El dios del Fuego, el Dios del Trueno y El Dios de Hielo... su odio incrementa... Oh no..." Entonces vemos lo que parece la silueta de un Yadoking.
Volviendo al bote, Ash teme por su vida, por las grandes olas.
La escena vuelve a la isla, en dónde vemos a Misty y a Tracey y Flura, con fuertes vientos que casi apagan las antorchas de la isla.
Flura está preocupada por Ash, por decirle que todo era fácil, y decide salir tras él. Corre hacia los muelles, 'donde están Jessie y James, que vieron a Misty, a Flura y a Tracey.
Misty dice que también quiere acompañarlos, y Flura le pregunta porqué. Misty dice que no es porque sea su novia o su hermanita pequeña, sino por que quiere ir. Flura le responde que porqué siempre está detrás de él y Misty, completamente histérica, le dice que siempre, casualmente va a dónde Ash quiere ir. Trace dice que también quiere ir.
Entonces se suben a un bote, deseando que Ash esté bien.
Jessie y James también están en el barco, deseando poder atrapar pokèmons para el jefe.
Entonces la escena cambia a la nave, con Jiraldin en ella.
Entonces la computadora avisa que Zapdos y Moltres se dividirán el trozo que Moltres poseía y que haber capturado uno de los pájaros quebró el equilibrio que generaban los tres, y que eso cambió todo el clima del mundo.
Entonces, desde el fondo del océano algo comienza a emerger....
La escena para al Pallet Town, dónde la madre de Ash está preocupada, pues en un noticiero avisaron que algo raro está pasando en las islas naranjas.
El Prof Oak recibe una llamada del Prof.Ivy (Usugi) que le dice que en las islas Naranja, viven otros tipos de pokèmon sin justificación alguna.
Volviendo con Ash. Ash se da cuenta que el cielo se está aclarando y que la lluvia está parando. Pero para su mala suerte, el océano sigue muy bravo, lo que no les permite controlar el barco.
Chocan contra una isla, sin ninguna rotura en el bote.
El capitán le dice a Ash que se quede en el bote, pues hay riesgos de que haya un temporal, pero Ash dice que buscará el t.esoro y regresará de inmediato.
Sube por unas escaleras, hacia el tesoro.
Otra vez volvemos con Flura, Misty y Tracey, que están sobre un bote a motor, a toda velocidad. Entonces una gran ola da vuelta el bote, y lo da vuelta de nuevo. Todos se quedan sjetos al bote, excepto James y Jessie, que salen volando. La escena cambia al capitán, que está cenando.
De la nada, aparece el barco de Flura, que vuela y aterriza en la isla.
El (la) capitán del barco los ve y se pregunta que estarán haciendo allí.
Flura le pregunta a la capitana si está bien, y ella le dice que si, y que el único peligro es Ash. Le dice que Ash se fue a buscar los tesoros con este clima horible. Entonces, el barco de Flura comienza a resbalarse de la roca en la cual estaba apoyado, pero ella empuja una palanca, que abre una vela; ellos empiezan a flotar en el aire, sirviéndose de las velas para cargarlos. Flura dice que irán a dónde Ash está y lo llevarán con ellos.
La escena pasa a Jiraldin (* o Geraldan) mirando a Moltres, que trata , pero no puede, liberarse de la jaula en la que está. LA computadora le avisa que Zapdos ha tomado la isla de Moltres.
Vemos a Ash subiendo las escaleras, le dice a Pikachu que se quede atrás, pero ella lo sigue.
También podemos ver a Jessie y a James esconderse detrás de una roca, esperando para atrapar a Pikachu (que buen momento para ponerse a pensar en eso...) Ash le vuelve a decir a Pikachu que no lo siga, pero el pokèmon desobedece.
Entonces Pikachu le muestra que hay un brillo, ahí está el tesoro. El tesoro está extrañamente rodeado por una órbota de fuego... Mientras admiran este fenómeno, Jessie y James salen de por detrás y comienzan con la introducción del T.Rocket.
Ash los interrumpe, diciéndoles que lo que el está haciendo es mucho más importante de lo que ellos están haciendo.
No le prestan atención, y siguen diciendo que capturarán al Pikachu.
Entonces llega el barco de Flura, volando. MIsty comienza a hablar con Ash, y entonces aparece Zapdos, que electrocuta todo. Pikachu entonces comienza a electrocutar a Zapdos, pero luego Meowth explica que no lo está atacando, si no hablando con él. LE preguntan de qué están hablando y MEowth dice : "Pkachu le está preguntando porqué está el en la isla de Moltres, y Zapdos le dice que hasta que Moltres no vuelva el dominará sobre la isla." Zapdos entonces comienza a atacar a la nave de Jiraldin.
Todos se quedan "admirando" el tamaño de la nave.
Mientras tanto, dentro de la nave, la computadora avisa que el ataque eléctrico fue absorvido. Jiraldin dice para si que está a punto de hacer crecer su colección.
Entonces la nave dispara unos anillos para capturar a Zapdos, y accidentalmente se lleva también a Ash, Misty , Flura, Tracey, E.Rocket y el barco.
Entonces Jiraldin dice que sólo Articuno se interpone entre él y Lugia.
La computadora avisa que ha capturado "cosas" de más.
Todos se levantan y ven a Zapdos y a Moltres en jaulas.
Entonces aparece Jiraldin y les pregunta que hacen allí, y se introduce como un colector de cosas raras. Incluyendo pokèmon, por diversión. Y libera a Ash y co. Flura se da cuenta que luego capturará a Articuno, y comienza a preocuparse.
Entonces vemos un helicóptero, rodeado por muchos Pidgeys. El helicóptero de las Noticias anuncia que muchos pokèmon están escapando hacia las islas Naranja, junto a él están el Prof. Oak y el Prof. Ivy. El prof. Oak explica la teoría de que los tres pájaros mantenían en equlibrio el clima de la tierra, cada uno controlando una parte, desde el clima, hasta el comportamiento de los pokèmon hacia este. Cuando los pájaros son sacados del medio, se pierde el equilibrio. Está nevando porqué sólo Articuno no ha sido capturado,y antes había truenos pues Zapdos estaba presente (el calor no está por la captura de Moltres).
Entonces el reportero va a hablar con la madre de Ash y le pregunta porqué está ella ahí, y ella dice que porque su hijo está en las Islas Naranja, ella está muy preocupada.
Entonces vemos un Yadoking, mirando sobre un acantilado, expresando preocupación. Jiraldin y la nave van a capturar a Articuno, y notan que el océano del este se ha vuelto hielo.
Flura, se dirije hacia una tabla de roca que dice : "No han de tocar al Dios del Fuego, al Dios del Hielo o al Dios del Trueno, sino la Tierra y el Paraíso se quebrarán y el Mundo será destruido" Esto solía ser una leyenda, pero se ha vuelto realidad.
Ash piensa en que debería liberar a los dos pájaros, y saca a todos sus pokèmon para que ataquen a las cápsulas protegidas en dónde están los dos pájaros. Entonces todo explota, y la nave tiene que hacer un aterrizaje de emergencia en la isla del Trueno. Todos menos Jiraldin están fuera, justo antes de que la nave choque y explote. Entonces, de repente algo pasa por sobre la cabeza de Ash, y es el tesoro del trueno, el que agarra.
De repente un chorro de agua violentamente sale hacia afuera, con una extraña música. Flura se da cuenta que ya oyó ese sonido antes. Otro golpe de agua, y todos salen volando y aterrizan junto al Yadoking. Éste le pregunta a Ash porqué hay sólo 2 tesoros y que le falta uno.
En ese instante, todos miran hacia arriba para ver a los pájaros. Ash corre hacia ellos, y casi se mata. Pero justo antes, un gran chorro de agua golpea a los pájaros, seguido por un pokèmon muy extraño, jamás visto. Yadoking se da cuenta de que este es el Dios del Agua, Lugia. Jiraldin está apuntando a Lugia, para atraparlo. Entonces Lugia comienza a hacer un ruido extraño, y Flura se da cuenta que es el mismo que el que ella toca con su flauta. Jiraldin dispara hacia Lugia, y luego de varios intentos, le pega, haciendo que Lugia caiga en el océano de agua helada.
Entonces vemos a la madre de Ash, junto con el Prof.Ivy y el Prof,Oak, muy preocupados. El Prof.Ivy dice que todo el mundo está en peligro. La razón de porqué tantos pokèmon se han unido, es porque nada pueden hacer sobre esto. Y dice que, cuanto antes el elegido junte los tesoros, más rápido terminará todo. De repente todos miran a Ash, quien pregunta si es él el elegido. Yadiking le reponde que sí, pues ha podido juntar 2 de 3 de los tesoros. Entonces Flura piensa, que si la leyenda es cierta, ha de tocar la flauta. Comienza a tocarla, y un impresionante chorro de agua emerge, y Lugia le dice que para calmar a los Dioses, es necesario algo más que la flauta. También dice que el elegido no es sólo una persona, si no que es una persona y algo más.
El tesoro que falta es el tesoro del Hielo. Le dice a Ash que tiene que ir a esa Isla.
Pikachu, y todos sus pokèmon piden de ayudarlo, y Ash, casi llorando de la conmoción dice "Iré a Salvar el mundo"
Se aleja, y ve el barco arruinado de Flura.
Entonces luego vemos a Ash en una especie de contrucción improvisada, con sus pokèmon ayudándolo. Todo el mundo los está mirando, y el E.R. quiere algo de acción, pero están trabados en el bote salvavidas.
Miran hacia el cielo, y ven el helicóptero de Oak y Ivy.
El helicóptero choca con el ER, y ellos ven como sale la gente de adentro. Luego ven una pieza de maquinaria y tienen una idea.
De nuevo vemos a Ash con el artilugio que inventaron para llegar a dónde estaba el tesoro (estaba alto). De repente Articuno dispara un rayo de Hielo a Lugia, pero éste hace un campo de fuerza alrededor de él y se protege. Entonces Zapdos golpea as Ash y Co. derrumbando el "puente" que usaban para agarrar el tesoro. Ash y sus pokèmon no tenían los ánimos para continuar. Jessie y James aparecen con la pieza que encontraron, para ayudar a Ash. Él le pregunta por qué lo ayudan, y ellos responden después de su intro : "Si no hay un mundo tampoco el mal puede existir, por eso te ayudaremos esta vez"
Los pájaros tratan de destruir todo, pero ellos esquivan los golpes. Entonces Pikachu sale volando, y Ash sale a atrpaparlo. Pikachu le muestra donde está el tesoro, y Ash va y lo agarra.
Sobre ellos, Zapdos y Articuno comienzan a luchar. Ash y el ER tratan de escapar, pero Articuno cae sobre ellos destruyendo el puente.
Ash y Pikachu comienzan a correr para bajar el acantilado, pero está en picada. Lugia se aproxima a ellos y les dice que salten sobre él. Ellos saltan, y el ER se cuelga de lu pata. Lugia le dice a todos que se queden en donde están.
El ER se da cuenta de que Lugia está bajando la velocidad, y que los está soltando. Todos se dan cuenta de que morirán cuando caigan al agua, pues el hielo.
Ellos caen, y cuando caen al hielo, están confundidos. Ven muchísimos pokèmon. Ash, entonces, le pregunta a Lugia si es un pokèmon. Él le dice que si, que es un pokèmon, como todos los demás. Ash, pregunta por qué está pasando todo esto, y Lugia responde : "No puedes molestar a los mundos" Ash no entiende, y pide que se le explique. "Hay dos mundos, el tuyo (el mundo normal) y el mío (el mundo de los pájaros) si uno molesta al otro, entonces todo sale mal" dice Lugia. Lugia prosigue "Puedes salvar a ambos?" Ash acepta.
Entonces Ash llama a Misty, a Flura y a Tracey.
De repente, Ash mira detrás de él y ve 4 anillos que persiguen a Lugia, lanzados por Jiraldin. Lugia llora de dolor, y hace un rayo que destruye la nave de Jiraldin, y otro rayo que acaba con los pájaros. Lugia cae al océano, y los pájaros en una isla.
Flura le pide a Misty que sostenga su flauta, pero ella dice que no, que la flauta no es su trabajo, si no el de Flura. Dicho esto, se lanza al agua y saca a Ash, que estaba inconsciente (pero es despertado por Pikachu). Lugia, cayendo al océano, piensa que todo es'ta acabado.
Ash sale a correr en la isla y Yadoking y Togepi (sentado en su gorro) lo saludan y le dicen que debe poner el 3er tesoro
en una caja, y entonces, un líquido verde comienza a salir de ésta. Éste inunda todo, y Flura comienza a tocar la flauta. Los tres pájaros se despiertan, y comienzan a volar en el cielo, que se ilumina, y aparece el sol.
Entonces aparece un torbellino de agua, y Lugia le dice a Ash que se suba, mientras Flura toca su flauta, y el vuela con los tres pájaros y Lugia.
Entonces vemos la imagen de la nave destrozada de Jiraldin,
todos los pokèmon volviendo, el cielo aclarándose, todo normal, como si nunca hubiese pasado. Y lejos en el cielo, vemos a Ash, feliz, con Lugia. Ash le pregunta si va a dejar su mundo para vivir en el de todos (el normal) y Lugia le dice que si, pero quiere que lo conserven como una leyenda, y que no le digan a nadie lo que pasó. Él vuelve al Océano. De la nada, aparece la madre de Ash, muy preocupada. Misty trata de decirle que Ash salvó al mundo, pero ella dijo que el mundo no le importaría si Ash se fuese.
Entonces le pregunta a Ash que quería ser durante su vida, y él dijo que quería ser un Maestro Pokèmon. Ella le dice que siga tratando de conseguirlo, y que esto no lo detenga.
Más tarde, de noche, vemos a Jiraldin saliendo de su nave destruida, encontrándose con una carta, que resultó ser la carta de Mew. El TR también cayó por ahí, en la isla de Yadoking. Yadoking los recibe, y ellos se relajan.
"Parece que el Team Rocket se siente bien otra vez!!"
